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南芯医疗粪便样本的识别、采集和提取标椎化流程

撰写时间:2017-11-04    来源:广东南芯医疗科技有限公司

LongSee SOP 01

粪便样本4 h(≤4 h)内可运输回实验室的标椎化采集流程

一、产品组成

本产品包含一支粪便采集管,一支勺子,一双一次性手套,一份使用说明书。

二、操作流程

1. 请选择一个干净的蹲厕,先冲一下厕所,然后在便池内垫两层干净的纸巾,防止样本直接掉进便池水中。

2. 将粪便排在铺好的纸巾上。

3. 带上手套、打开采集管,取出勺子。

4. 取粪便中段里部的样本(粪便样本约为一颗花生米大小),连同勺子一起装入采集管中。

5. 拧紧采集管,防止泄露。

6. 完成调查问卷。

7. 将填好的调查问卷和取好的样本一起装入袋中。

8. 室温储存并在4 h内(≤4 h)运输到实验室保存。


LongSee SOP 02

粪便样本4-24 h(4 h<X≤24 h)内可运输回实验室的标椎化采集流程

一、产品组成

本产品包含一支粪便采集管,一支勺子,一双一次性手套,一份使用说明书。

二、操作流程

1. 请选择一个干净的蹲厕,先冲一下厕所,然后在便池内垫两层干净的纸巾,防止样本直接掉进便池水中。

2. 将粪便排在铺好的纸巾上。

3. 带上手套、打开采集管,取出勺子。

4. 取粪便中段里部的样本(粪便样本约为一颗花生米大小),连同勺子一起装入采集管中。

5. 拧紧采集管,防止泄露。

6. 完成调查问卷。

7. 将填好的调查问卷和取好的样本一起装入袋中。

8. 干冰或者-20℃储存并在4-24 h(4 h<X≤24 h)运输到实验室保存。


LongSee SOP 03

粪便样本24 h-7 d(24 h<X≤7 d)内可运输回实验室的标椎化采集流程

一、产品组成

本产品包含一支粪便采集管(装有保护液),一双一次性手套,一份使用说明书。

二、操作流程

1. 每一支粪便采集管均贴有唯一样本编号,在准备采样前,请用手机登录微信点击“扫一扫”,扫描包装上的二维码,填入样本编号并进行后续的问卷答题。

2. 选择一个干净的蹲厕,先冲一下厕所,然后在便池内垫两层干净的纸巾,防止大便样本直接掉进便池水中。

3. 将粪便排在铺好的纸巾上。

4. 打开包装,带上一次性手套,取出粪便采集管,准备采样。

5. 旋开采集管,持盛液管端,采集粪便标本使其充满采样头的凹槽中(采集一次约黄豆粒大小对应1毫升保护液)。

6. 将取好粪便的采样杆插回管内,旋紧密封旋盖。

7. 握持采集管,在靠近易折杆侧用拇指推压盛液管中端,使盛液管中的杆子沿根部折断,露出小孔,轻挤盛液管,让保护液通过小孔流入装有粪便的管内。

8. 将盛液管中的液体全部挤入下端管中,轻轻晃动采集管,让采样头凹槽中的大便样本与采样头分离并与保护液充分混匀,使管内液体呈悬浊状。

9. 将粪便采集管装回原包装袋,送还给医护人员或研究人员。

10. 室温储存并在24 h-7 d(24 h<X≤7 d)运输到实验室保存。

※检验人员检验时,摘下黄色密封帽,轻挤盛液管端,样本混合液可从出液嘴滴出,取样本混合液可进行下一步的实验操作。

分别对应步骤5、6、7、8、※


流程LongSee SOP 04

粪便样本DNA提取标准化操作流程

粪便DNA提取使用Longsee Stool DNA Kit

一、产品组成

二、操作流程

1. 样本前处理

(1)按照LongSee SOP 01、LongSee SOP 02收集的样本,称取200 mg左右的粪便样本(样本是液体时取200µL)至2 mL离心管中,并将管子至于冰上。

(2)按照LongSee SOP 03收集的样本,摘下黄色密封帽,轻挤盛液管端,样本混合液收集至2 mL离心管中,离心12000 rpm 4℃ 5 min,弃上清。

2. 向样本中加入1.4 mL Buffer FSA,涡旋振荡直至样本彻底混匀。

3. 95 ℃孵育5 min。

4. 涡旋振荡15 s,12,000 rpm 离心1 min。转移1.2 mL上清液至含有吸附片的2 mL离心管中,然后涡旋振荡直至片剂溶解完全。

5. 室温孵育1 min,12,000 rpm 离心5 min。

注意:离心后若无明显的上清,需多次离心。

6. 取一个新的1.5 mL离心管,加入15 µL Proteinase K,然后加入上一步所得的200 µL上清液。

7. 再加入200 μL Buffer FSB,涡旋振荡15 s。

8. 70 ℃ 孵育10 min。

9. 加入200 μL无水乙醇,涡旋振荡混匀。

10. 将上一步所得的全部溶液转移到LSamp MinElute吸附柱中(吸附柱放入2 mL收集管中),12,000 rpm离心1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:步骤9中可能会有少许絮状物生成,请将絮状物与溶液一起转移至吸附柱中。如果离心后,吸附柱中仍残留溶解物,请再次离心直至吸附柱为空。

11. 向吸附柱中加入500 μL Buffer FPB(使用前请先检查是否加入无水乙醇),12,000 rpm离心1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

12. 向吸附柱中加入600 μL Buffer FPW(使用前请先检查是否加入无水乙醇),12,000 rpm离心1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

13. 12,000 rpm离心2 min ,以去除吸附柱中残余液体。

14. 将吸附柱转移到一个新的1.5 mL离心管中,打开盖子,室温静置5 min,以完全干燥膜。

15. 往吸附柱膜中间悬空加入50-100 μL Buffer PTE(65 ℃预热),室温静置2 min。


LongSee SOP 05

粪菌DNA提取要求

不论上述那种收集方法,最终均需要将粪菌核酸提取,根据南芯医疗测序平台的质控规则,粪菌核酸质量要求如下:

1. 核酸总量大于3微克,体积小于30微升;

2. 10%琼脂糖胶结果不得有明显弥散条带;

3. 纯度,A260/280在1.6~2.1范围;

4. 16s产物PCR扩增,10%琼脂糖电泳可见到清晰产物;

5. 保存条件:符合要求的核酸-80度冰箱或液氮保存,并做好样本信息登记。